藤原由紀乃は1966年6月1日に、声楽家夫婦の独り娘として東京に生まれる。1968年の5月には、声楽の勉強の為にドイツへ留学する両親と共にミュンヘンへ渡る。1970年の6月9日、ミュンヘンで「魂の耳で奏でる」ベアタ・ツィーグラーの奏法 "Das Innere Hoeren" を教えるアンナ・シュタードゥラー女史 のレッスンと出会う。1972年、一家は日本へ帰り、母は「日本ベアタ・ツィーグラー協会」を設立し、自らがミュンヘンのアンナ・シュタードゥラー女史から教えられた奏法の日本での普及に努め始める。
藤原由紀乃(9歳)は1975年に単身ミュンヘンへ戻り、ベアタ・ツィーグラーの高弟であったアンナ・シュタードゥラー女史の唯一の内弟子として奏法の研鑽を積む。
1976年に東京でリサイタルデビューを果たした藤原由紀乃は、それ以来毎年日本ベアタ・ツィーグラー協会主催のリサイタルでツィーグラー・メソードでの演奏を日本に紹介する。同時にドイツ(1982年「ベルリン音楽祭」の「フェスティヴァル・デビュー」シリーズや1986年ユストゥス・フランツが音楽監督を勤めた「シュレスヴィッヒ・ホルシュタイン・ムジーク・フェスティヴァル」等)、日本、オーストリア、イタリア、フランス(ボルドー音楽祭等)、旧チェコスロヴァキア(テプリチェのベートーヴェン・フェスティヴァル等)、スイス、アメリカ合衆国(1984年「カーネギー・ワイル・リサイタル・ホール」にてニューヨーク・デビュー)各国でのリサイタルが続く。
オーケストラとの初協演は、1977年ドイツ・アウグスブルグ・フィルハーモニーとガーボール・エトゥフェスの指揮でのモーツアルトのピアノコンチェルト第23番で。その後もドイツ各地(例えば1983年フランクフルトのオールドオペラハウスでフランクフルト・オペラ&ミュージアム・オーケストラとダーヴィッド・シャロンの指揮で。
1978年12歳 ミラノ・コルトー国際青少年ピアノ・コンクール第2位受賞
1981年14歳 イタイア・ゼニガーリア国際ピアノ・コンクール第2位受賞
1983年17歳5月に日独交換演奏会として、東京でアンネ=ゾフィー・ムッターとヴォルフガング・ザヴァッリッシュ率いるNHK交響楽団の公演がNHK及びドイツ・ZDFテレビやオーストリア・ORFテレビに衛生中継された「お返し」に、ミュンヘン・国立歌劇場から若杉弘の指揮でミュンヘン国立オペラ・オーケストラと矢代秋雄のピアノコンチェルトを協演、衛生生中継でドイツ・ZDFテレビ、オーストリア・ORFテレビとNHKテレビにて放映される。)、日本(名古屋フィルハーモニー交響楽団、東京都交響楽団、 東京シティ・フィルハーモニック管弦楽団、東京交響楽団、日本フィルハーモニー交響楽団、新日本フィルハーモニー交響楽団、関西フィルハーモニー管弦楽団、南西ドイツ管団、京都市交響楽団、読売日本交響楽団、NHK交響楽団[若い芽のコンサート、1989年]、スロヴァキアのジリナ室内管弦楽団、アンサンブル神戸。指揮は竹本泰蔵、山田一雄、外山雄三、小林研一郎、渡邊暁雄、大町陽一郎、井上道義、トーマス・コンツ、ハルトムート・ヘンヒェン、オンドレイ・レナールド、伴哲朗)やスイス(例えば1983年モントリュー音楽祭でフィリップ・ボンデール指揮でカンヌ・コート・ダズュール・オーケストラと。
1985年チューリッヒ・トーンハッレ・オーケストラとフェルディナンド・ライトナー指揮でチューリッヒ・トーンハッレ・ホールにて)、スェーデン(1988年ストックホルム・フィルハーモニーとペーター・エリョス指揮でストックホルム・フィルハーモニー・ホールにて等)、デンマーク(1989年ダーヴィッド・ペーターソン指揮でアールボルグ・シンフォニー・オーケストラと)、フランス(パリ・サル・プレイエル・ホールにてフィリップ・ボンデール指揮でヌヴォー・オルケストゥル・フィルアルモニーク・ドゥ・ラディオ・フランスやマルク・スス トゥロー指揮のロンソンブル・オルケストゥラル・ドゥ・パリとの協演等)、ブルガリア(ゲオルギ・ノテフ指揮でプレヴェン・シンフォニー・オーケストラ)、旧チェコスロヴァキア(ブルノ・シンフォニー・オーケストラとマイケル・バレット指揮)等で活躍。
演奏会の他、ドイツではミュンヘンのBRバイエルン放送局やSFBベルリン自由放送局、ケルンのWDRドイツ西部放送局、イタリアのRAI放送局やスイスのSRG放送局、ラディオ・フランス、デンマーク・ラディオ、日本ではNHK、FM東京での録音・FM放送、そしてテレビ放映ではドイツ・ZDF、SRG ジュネーヴ・テレビ、SRG チューリッヒ・テレビ、NHK、京都テレビ等。
ルードルフ・ゼルキンに認められ、1983年17歳と1984年18歳の2夏続けてアメリカ合衆国バーモント州マルボーロ音楽祭に参加、室内楽を中心に同音楽祭アーティスティック・ディレクターを勤めていたルードルフ・ゼルキンの師事をあおぐ。後にゼルキンはドイツの旧友に宛てた手紙の中で藤原由紀乃について「彼女は本当の芸術家である」と述べる。
1986年、コンサートの3日前にキャンセルを強いられたルードルフ・ブーフビンダーの代わりにミュンヘン郊外のシュライスハイム城音楽祭でプラハの「プラッシャック・弦楽四重奏団」とシューベルトのピアノ5重奏曲「鱒」を演奏する。
1983年にはミュンヘン国立音楽大学のピアノ科の3年に入学、1985年にアーティスティック・ナショナル・ディプロマで卒業し1987年には同大学の大学院をマスタークラス・ディプロマで終了。
ドイツ国内では1976年にミュンヘン青少年ピアノ・コンクールで第1位と特別賞受賞の後、1977年全西ドイツ(当時11州)青少年ピアノ・コンクール第1位受賞。
国際ピアノ・コンクールでは1982年にスイス・ヴヴェ/モントリューのクララ・ハスキル・コンクールでファイナル入賞。
1985年にはスイス・チューリッヒのゲザ・アンダ・コンクールで第2位とテレビ賞を受賞し、1986年20歳でフランス・パリの・ロン・ティボー・コンクールで第1位グランプリを受賞。
1986年頃より、恩師・アンナ・シュタードゥラー女史の容態が悪化、アルツハイマー病と診断。身寄りのいないシュタードゥラー女史の看護の為に演奏活動を減らし、引き続きツィーグラー・メソードの研究を深め、レパートリーの拡大にもかける。
日本のファンに支えられる中、留守を恩師の世話をする介護人に託し年に数回演奏会の為に帰国し、日本ベアタ・ツィーグラー協会主催のリサイタルとして東京では日比谷公開堂、人見記念講堂やサントリーホール、そして現在では紀尾井ホールと東京文化会館小ホールで毎年開き、名古屋、大阪でも行なっている。
1987年は日比谷公会堂でのリサイタルがNHKの「芸術劇場」でテレビ放映される。
1987年と1988年にポニー・キャニオンからCD2枚(シューマンの「シンフォニック・エチュード」、他/ベートーヴェンのソナタ「ワルトシュタイン」と「OP.110」、他)を出す。
1993年にはミュンヘンの後見裁判所よりアンナ・シュタードゥラー女史の唯一の身内とみなされ後見人に任命される。1999年には、後見人としての功績が認められ、「ピアニストの生活に専念するように」とミュンヘンの後見裁判所より専門の法律家を紹介され、後見人の役目を引き渡す。
「今までは人間的な恩返し、これからは音楽で真の恩返しを」と藤原由紀乃は30年間に亘って暮らしたミュンヘンから同年、日本へ本拠を移し、恩師より受け継いだベアタ・ツィーグラーの「魂の耳で奏でる」奏法の普及の為に演奏会、公開講座や指導に専念、母(高橋知代乃)と共に日本ベアタ・ツィーグラー協会の充実に力を入れる。
近年ではチャリティコンサート、全国各地でピアノ・リサイタルや個人レッスンの他に、音楽大学、音楽高校、PTNA(全日本ピアノ指導者協会)、JPTA(日本ピアノ教育連盟)、楽器店主催のリサイタル、公開講座&公開レッスン、新ブダペスト弦楽四重奏団やN饗のメンバーとの室内楽も意欲的に行なっている。
CDはショパン没後150周年の1999年12月、「エチュード全集0p.10&25」を録音、翌2000年に発売し絶賛を博す。1987年、1988年にリリースした2枚のCDを2002年3月にロン=ティボ国際ピアノ・コンクール第1位グランプリ受賞(20歳)記念第1弾(シューマン他)、第2弾(ベートーヴェン集)として発表。
2004年「ドイツ語検定一級一位受賞」
2005年にショパンの「プレリュード全集(24のプレリュードOp.28&2つのプレリュードOp.45,i 遺作)」同年レコード芸術6月の特選盤をリリース。
2006年に「ブラームス 二大変奏曲 ヘンデル&パガニーニ」をリリース。
2008年に「バッハ ゴールドベルグ変奏曲」をリリース。
2011年に「ラヴェル集」をリリース。
2015年にリスト:ピアノ作品集をリリース。